V programu SSB2000 se penalizují zůstatky na kontech, nikoli celkový zůstatek salda subjektu. Protože platby se na konta dostávají pomocí mechanismu přiřazení plateb, je třeba před započetím penalizace mít všechny platby subjektu přiřazeny na konta.

Do výpočtu penále nejprve vstupují všechny předpisy na daném kontě a platby jim přiřazené a všechny položky jsou seřazeny dle data předpisu a data platby. Výpočet penále poté probíhá od posledního nalezeného předpisu penále (složky předpisu 8, 9, 10, 11) nebo od dne zadaného při výpočtu. Při výpočtu jsou zohledněny parametry penalizace aktuálně nastavených pro dané konto.