Protože v programu SSB2000 je penalizováno zásadně konto, veškeré nastavení pro penalizaci lze nalézt v detailu konta. Kromě způsobu výpočtu penále je možno zadat časový interval, po který předpisy na kontě penalizovány nejsou (amnestie penále).

Pokud je požadavek na penalizaci úrokem z prodlení dle občanského zákoníku, je navíc potřeba zadat diskontní sazby ČNB. Vlastní nastavení penalizačních paramatrů konta lze učinit buď individuálně pro jednotlivá konta v detailu konta nebo hromadně úlohou Hromadné nastavení kont.